异构醇聚醚E-1303的急性毒性等级为低毒（大鼠经口LD50＞2000 mg/kg），正常工业使用条件下不会造成急性中毒。但它被GHS分类为皮肤刺激类别2（H315）和严重眼损伤/眼刺激类别2A（H319），直接接触可能引起皮肤轻度刺激和眼部中度刺激，因此操作时需佩戴手套和防护眼罩。皮肤致敏性测试显示该产品无致敏性，不会引发过敏性反应。
在环境方面，异构醇聚醚E-1303对水生生物的急性毒性较低——鱼类LC50、藻类EC50和溞类EC50均大于100 mg/L，不属于对水生生物高毒的物质。更重要的是，根据OECD 301方法测试，该产品具备易生物降解特性（BOD/COD≥60%或DOC去除率≥70%），在自然环境中能被微生物有效分解，不会造成长期生态累积。尽管如此，仍需严格禁止将含该产品的废水直接排入下水道、地面水或土壤，废弃物的最终处置应遵循当地环保法规，建议采用焚烧法处理。
| 测试项目 | 测试对象/方法 | 结果 |
|---|---|---|
| 急性经口毒性（LD50） | 大鼠 | ＞2000 mg/kg（低毒） |
| 皮肤刺激性 | 兔 | 轻度刺激 |
| 眼刺激性 | 兔 | 中度刺激 |
| 皮肤致敏性 | 豚鼠 | 无致敏性 |
| 鱼类急性毒性（LC50） | — | ＞100 mg/L（低毒） |
| 藻类毒性（EC50） | — | ＞100 mg/L（低毒） |
| 溞类毒性（EC50） | — | ＞100 mg/L（低毒） |
| 生物降解性 | OECD 301 | 易生物降解（≥60% BOD/COD 或 ≥70% DOC去除） |
在工业与民用清洗、纺织印染、皮革加工、农药制剂、乳液聚合等应用中，异构醇聚醚E-1303的使用浓度通常远低于毒理学关注水平，正常工况下对人体健康影响极小。但在配制高浓度母液或进行分装操作时，仍需做好防护。产品优良的化学稳定性使其在储存、运输过程中不易分解产生有害副产物，进一步降低了安全风险。